Los drones de imágenes térmicas han transformado el monitoreo de la vida silvestre al facilitar el monitoreo eficiente y no invasivo de las poblaciones de animales en grandes áreas. En este estudio, se desarrolló un diseño de ruta de vuelo optimizado para monitorear la vida silvestre en la isla Guleopdo, Corea del Sur, utilizando el dron DJI Mavic 3T equipado con una cámara térmica. Empleamos una técnica de muestreo basada en estratos para reclasificar la información topográfica y de uso del suelo, creando un plan de encuesta óptimo. Usando estratos de muestreo, se derivaron puntos clave, sobre la base de los cuales se diseñaron nueve rutas de vuelo para cubrir aproximadamente el 50% del área de estudio. Los resultados demostraron que una ruta de vuelo optimizada mejoró la precisión en la detección del ciervo sika de Formosa (Cervus nippon taiouanus). Las estimaciones de población indicaron al menos 128 ciervos sika de Formosa, con una mayor eficiencia de detección observada durante el clima nublado. Personalizar las rutas de vuelo según las características del hábitat resultó crucial para un monitoreo eficiente. Este estudio destaca el potencial de los drones de imágenes térmicas para estimar con precisión las poblaciones de vida silvestre y apoyar los esfuerzos de conservación.