La salinización del suelo es uno de los principales desafíos para la agricultura moderna, representando una gran amenaza para la salud del suelo y la seguridad alimentaria. Se realizaron experimentos de campo para evaluar el efecto del recubrimiento de semillas en el ambiente del suelo y el crecimiento del maíz en suelos salinos. Se aplicaron tres tratamientos a las semillas de maíz: recubrimiento con un agente microbiano microencapsulado (ME), recubrimiento solo con microbios (MB) y sin recubrimiento (CK). Se realizó una secuenciación de alto rendimiento de los genes de rRNA 16S y ITS bacterianos y fúngicos del suelo utilizando la plataforma Illumina HiSeq para analizar los efectos de estos tratamientos sobre la diversidad y la estructura de la comunidad bacteriana y fúngica del suelo. Además, se investigó la influencia de los diferentes tratamientos en las hormonas endógenas y el rendimiento del maíz. Se encontró que el recubrimiento con un agente microbiano microencapsulado llevó a disminuciones en el pH y la conductividad eléctrica (CE), mientras que aumentó el contenido de fósforo disponible en el suelo. Este recubrimiento mejoró la diversidad microbiana del suelo, aumentando significativamente la abundancia relativa de los principales géneros de bacterias (34.9%) y de los principales géneros de hongos (190.4%). El tratamiento también mejoró significativamente el ácido indol-3-acético (IAA) en un 51.2%, contribuyendo a mejoras en la resistencia al estrés salino. La tasa de germinación aumentó en un 22.9%, el peso de 100 granos aumentó en un 12.7% y el rendimiento de granos aumentó en un 14.3%. El uso del agente microbiano microencapsulado mitigó efectivamente los efectos adversos del estrés salino en las plantas de maíz. Este enfoque es beneficioso para promover la agricultura sostenible en suelos salinos.