En este estudio, evaluamos métodos alternativos para comparar la provisión de servicios ecosistémicos entre áreas urbanas, enfatizando cómo la elección del método de comparación afecta la capacidad de comparar los resultados de los servicios ecosistémicos, con el fin de mejorar las acciones de gestión en áreas verdes urbanas, reducir la desigualdad ambiental y garantizar niveles satisfactorios de bienestar humano. Para el análisis, se cuantificaron diez indicadores espaciales para evaluar la provisión de servicios ecosistémicos urbanos en Barcelona, España, y Santiago, Chile. Se aplicaron dos métodos de comparación en ambas ciudades para evaluar las diferencias en sus puntuaciones de provisión. El análisis se realizó utilizando el sistema de Soporte a la Decisión en la Gestión de Ecosistemas (EMDS), un marco de soporte a la decisión habilitado espacialmente para la gestión ambiental. Los resultados mostraron cambios en los valores de la provisión de servicios ecosistémicos dependiendo del enfoque metodológico aplicado. Cuando los datos se analizaron por separado para cada ciudad, ambas ciudades registraron una amplia gama de valores de provisión en los distritos de la ciudad, variando desde valores muy bajos hasta muy altos. Sin embargo, cuando el análisis se basó en los datos de ambas ciudades, las puntuaciones de provisión en Santiago disminuyeron, mientras que aumentaron en Barcelona, mostrando relatividad y una discrepancia en sus provisiones, dificultando una definición adecuada de la planificación. Nuestros resultados enfatizan la importancia de la elección del enfoque de comparación en los análisis de servicios ecosistémicos urbanos y la necesidad de más estudios sobre estos métodos de comparación.