La salinización del suelo y la deficiencia de selenio (Se) amenazan la seguridad alimentaria global. Este estudio desarrolló un bioinoculante compuesto que combina la producción de deaminasa de ACC y selenio nano-sintetizado biogénicamente (SeNPs) para aliviar el estrés salino-alcalino y mejorar la nutrición de Se en el arroz (L.). Se aisló una cepa con alta actividad de deaminasa de ACC y se utilizó para biosintetizar SeNPs con propiedades fisicoquímicas estables. Los experimentos en macetas mostraron que la aplicación del inoculante compuesto (S3: + 40 mmol/L SeNPs) mejoró significativamente la biomasa de plántulas (peso fresco +53.8%, peso seco +60.6%), la altura de las plantas (+31.6%) y la actividad radicular en condiciones salino-alcalinas. El tratamiento S3 también mejoró el peso de las panojas, la tasa de cuajado de semillas y el contenido de Se en los granos (234.13 g/kg), cumpliendo con los estándares nacionales de arroz enriquecido con Se. Además, aumentó la disponibilidad de N, P y K en el suelo de la rizosfera y mejoró la alfa-diversidad microbiana. Esta es la primera demostración integral de que una bioformulación sinérgica de PGPR de deaminasa de ACC y SeNPs biogénicos mitiga efectivamente el estrés salino-alcalino, mejora la fertilidad del suelo y permite la biofortificación segura de Se en el arroz.