En la producción de hortalizas en invernaderos, la desinfección reductiva del suelo (RSD) mitiga de manera efectiva las enfermedades transmitidas por el suelo, sin embargo, su impacto en la dinámica del carbono orgánico del suelo (SOC) no ha sido examinado adecuadamente. Este estudio investigó la distribución de los agregados del suelo y el mecanismo de retención del carbono orgánico después del tratamiento intensivo con RSD. Los experimentos en invernaderos, que incluyeron tratamientos de control (CK), paja de trigo (RSD) y paja de trigo con fertilizante químico (RSD + NP), indicaron un aumento en la formación de macroagregados (>2 mm y 0.25-2 mm) bajo RSD, especialmente en el tratamiento RSD + NP. Las partículas de arcilla limosa se transforman en macro y microagregados. La espectroscopia infrarroja de Fourier destacó el aumento de los grupos funcionales que contienen carbono en el SOC, con carbono alifático acumulándose en macroagregados y carbono aromático en arcilla limosa. Los experimentos de cultivo de laboratorio que emplearon diferentes relaciones C/N (RSD1 con paja de trigo, RSD2 con ramas de kiwi) resaltaron el impacto beneficioso de la materia orgánica de baja relación C/N en el contenido de macroagregados gruesos y finos, diámetro medio de peso, diámetro medio geométrico y reducción de arcilla limosa. Las bajas relaciones C/N mejoran la retención de SOC en grandes agregados, mientras que las altas relaciones estabilizan el carbono en microagregados. Esta investigación subraya la grave degradación en sistemas continuos de cultivo en invernaderos y enfatiza los beneficios duales de RSD: prevención de enfermedades y mejor retención de SOC. La implementación de RSD requiere una cuidadosa consideración de las opciones de material orgánico, específicamente sus relaciones C/N, como un factor crucial que influye en la dinámica del SOC.