Este estudio presenta una estrategia integrada para optimizar la producción de biocombustibles a partir de (CSO) y (CVU) mediante la combinación de estrés inducido por sal y pretratamiento térmico. Las microalgas se cultivaron en efluente de digestato anaeróbico (ADE) bajo condiciones de estrés y no estrés para evaluar el impacto de la disponibilidad de nutrientes en la composición de la biomasa. El estrés salino mejoró significativamente la acumulación de lípidos, con CVU mostrando un aumento del 51.6%. El pretratamiento térmico de la biomasa a 90 grados C durante 10 h logró el mayor rendimiento de metano (481 mL CH/g VS), con CVU superando a CSO. Las condiciones de pretratamiento más suaves (40 grados C durante 4 h) fueron más eficientes en energía para CSO, logrando un rendimiento del 2.67%. Los perfiles de ácidos grasos demostraron propiedades de biodiésel específicas de cada especie, con CSO rico en ácido oleico (33.47%) ofreciendo una mayor estabilidad oxidativa y rendimiento en frío, mientras que CVU mostró un mayor contenido de ácidos grasos poliinsaturados. Esta investigación destaca la viabilidad económica de utilizar ADE como medio de cultivo de bajo costo y el potencial de pretratamientos térmicos escalables. La investigación futura debería centrarse en reducir las demandas energéticas de los procesos de pretratamiento y explorar métodos alternativos de inducción de estrés para mejorar aún más los rendimientos de biocombustibles. Estos hallazgos ofrecen valiosos conocimientos para adaptar estrategias de cultivo y procesamiento para maximizar la producción de lípidos y metano, apoyando sistemas de producción de biocombustibles duales sostenibles y económicamente viables.