Las frutas de hueso (spp.) ocupan una posición fundamental en la producción mundial de frutas debido a su significativo perfil nutricional y características organolépticas distintivas. Los sistemas de huertos contemporáneos están experimentando una transformación a través de enfoques de cultivo innovadores, notablemente sistemas enanos de alta densidad, cultivo en invernadero, integración de tecnología agrícola y gestión simplificada. Como un componente agronómico crucial en el cultivo moderno de frutas de hueso, los sistemas de portainjertos confieren múltiples beneficios, incluyendo una mayor resiliencia ambiental, mejor productividad del injerto, calidad superior de la fruta, vigor controlado y capacidad de enanismo. Mientras que la mayoría de los huertos de manzanas europeos han hecho la transición a sistemas de portainjertos enanos, logrando ganancias sustanciales en productividad y rentabilidad, el cultivo de frutas de hueso se queda rezagado debido a las principales brechas en el desarrollo de portainjertos de prunus, incluyendo complejidad genética, ciclos de evaluación prolongados, barreras de propagación clonal y programas de investigación limitados. Se requiere una innovación urgente para abordar estos desafíos en la mejora de portainjertos para satisfacer la demanda de producción sostenible de frutas de hueso. Esta revisión examina sistemáticamente los objetivos estratégicos de mejora y metodologías moleculares innovadoras en el desarrollo de portainjertos de prunus, con un énfasis particular en la selección asistida por marcadores y tecnologías de predicción genómica. Proporcionamos una síntesis completa de los logros en la mejora de cultivares comerciales de portainjertos, mientras proponemos estrategias de investigación orientadas al futuro que incorporan edición de genoma basada en CRISPR y enfoques multi-ómicos. Las ideas sintetizadas establecen un camino teórico para avanzar en la mejora genética de portainjertos y prácticas de gestión sostenible de huertos en sistemas de cultivo de frutas de hueso.