La tasa de exsertión del estigma (SER) es uno de los factores importantes que afectan la producción de semillas de arroz híbrido. En el género , las especies de arroz silvestre generalmente muestran SERs más altas que los cultivares. Anteriormente identificamos un nuevo QTL-SER, , de la línea de sustitución de un solo segmento (SSSL) SG22 de . En este estudio, se realizó un mapeo fino de desarrollando los SSSL secundarios (s-SSSLs) de SG22 y mapeando las sustituciones entre los s-SSSLs. Se desarrollaron un total de 11 s-SSSLs y se utilizaron para el mapeo fino. Como resultado, se redujo a la región física de 122,59 kb entre los marcadores InDel M01 y M49. Se encontraron 19 genes anotados en ambos y los genomas HJX74 en el intervalo. Basándonos en el resecuenciado del genoma de SG22 y HJX74, y en los niveles de expresión de los genes funcionales anotados, se encontraron múltiples variaciones nucleotídicas en , , e incluyendo sustituciones de bases e inserciones/deleciones de los genes, y también mostraron diferencias significativas en los niveles de expresión entre SG22 y HJX74. Por lo tanto, , , y fueron seleccionados como los genes candidatos más probables para una validación adicional. Los resultados anteriores sentaron una base importante para la clonación y proporcionaron recursos valiosos para la mejora molecular de SER en arroz.