Los GITDs se encuentran entre las causas más comunes de muerte en caballos adultos y jóvenes en los Estados Unidos (EE. UU.). Estudios previos han indicado una conexión entre los GITDs y el microbioma intestinal equino. Sin embargo, la baja resolución taxonómica de los métodos actuales de secuenciación del microbioma ha obstaculizado la identificación de cambios bacterianos específicos asociados con los GITDs en caballos. Aquí, hemos comparado TEHC, un nuevo enfoque para la selección y secuenciación del gen 16S rRNA, con la secuenciación convencional del gen 16S rRNA para la caracterización del microbioma fecal equino. Ambos enfoques de secuenciación se utilizaron para determinar el microbioma fecal de cuatro caballos adultos y un microbioma simulado comercial. Nuestros resultados muestran que TEHC produjo significativamente más unidades taxonómicas operativas (OTUs) que la secuenciación convencional de amplicones 16S cuando se utilizó el mismo número de lecturas en el análisis. Esto se tradujo en una caracterización más profunda y precisa del microbioma fecal cuando las muestras fueron secuenciadas con TEHC de acuerdo con el análisis de abundancia relativa. Las métricas de diversidad alfa y beta corroboraron estos hallazgos y demostraron que el microbioma de las muestras fecales era significativamente más rico cuando se secuenció con TEHC en comparación con la secuenciación de amplicones 16S. En conjunto, nuestro estudio sugiere que la estrategia TEHC proporciona una caracterización más extensa del microbioma fecal de los caballos que la alternativa actual basada en la amplificación por PCR de una porción del gen 16S rRNA.