Los efectos de las prácticas de manejo integrado de nutrientes (MIN) en la calidad del suelo son esenciales para mantener la productividad de los agroecosistemas. El índice de calidad del suelo (ICS) sirve como una herramienta para evaluar el potencial físico, químico y biológico de los suelos, influenciado por diversas prácticas edáficas y agronómicas. Se realizó un experimento de campo multianual (2018-2021) en la Granja de Investigación Orgánica de la Universidad, Narendrapur, Bengala Occidental, India, para investigar la influencia de aplicaciones integradas y únicas de diferentes fertilizantes convencionales, insumos orgánicos (por ejemplo, vermicompost) y naturales (por ejemplo, DhravaJeevamrit y Ghana Jeevamrit) en los ICS y la productividad de cultivos de sistemas de cultivo basados en arroz-mostaza-garbanzos. Se seleccionaron un total de 12 parámetros para la evaluación del ICS, de los cuales solo se retuvieron cuatro, a saber, pH, porcentaje de carbono orgánico, actinobacterias totales y densidad aparente, para el conjunto mínimo de datos basado en el análisis de componentes principales (ACP). En este estudio, se registró el valor máximo de ICS (0.901) del suelo experimental en la práctica de MIN con un 25% de insumos orgánicos y un 25% de insumos inorgánicos, y el resto con insumos de agricultura natural, lo que aumenta el ICS en un 24% en comparación con el tratamiento de nutrientes 100% inorgánicos. Entre los diferentes parámetros del suelo, la mayor contribución fue del pH (35.18%), seguido por el porcentaje de carbono orgánico (26.77%), actinobacterias totales (10.95%) y densidad aparente (6.98%). Los rendimientos en los diferentes sistemas de cultivo variaron año tras año según los tratamientos. Notablemente, el rendimiento más alto en arroz de lluvia se estimó en el tratamiento 100% orgánico, seguido por las prácticas de MIN en los años subsiguientes, y finalmente, la combinación de insumos orgánicos y naturales en el último año. En el caso de la mostaza, la combinación de insumos orgánicos y naturales resultó en la mayor productividad en los años inicial y final del estudio, mientras que el tratamiento 100% orgánico resultó en una mayor productividad en los años subsiguientes. El garbanzo mostró un cambio dinámico en el rendimiento entre los tratamientos 100% orgánicos e integrados a lo largo de los años. Además, también se estableció una fuerte correlación entre los parámetros fisicoquímicos del suelo y el ICS. En general, este estudio concluye que la práctica de MIN basada en insumos naturales y orgánicos mejora la calidad del suelo y la productividad de cultivos del sistema de cultivo arroz-mostaza-garbanzos en la zona costera salina.