Ampliando los límites del análisis de esperma asistido por computadora a través del desarrollo de software abierto
Autores: Yániz, Jesús; Alquézar-Baeta, Carlos; Yagüe-Martínez, Jorge; Alastruey-Benedé, Jesús; Palacín, Inmaculada; Boryshpolets, Sergii; Kholodnyy, Vitaliy; Gadêlha, Hermes; Pérez-Pe, Rosaura
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2020
Acceso abierto
Artículo científico
2020
Ampliando los límites del análisis de esperma asistido por computadora a través del desarrollo de software abierto
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Análisis de esperma
Sistemas CASA
Software de código abierto
Investigación
Módulos
OpenCASA
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 17
Citaciones: Sin citaciones
Los sistemas de análisis de esperma asistidos por computadora (CASA) pueden reducir los errores que ocurren en el análisis manual. Sin embargo, los sistemas comerciales de CASA a menudo no son aplicables en la vanguardia de investigaciones desafiantes. El desarrollo de software de código abierto puede ofrecer soluciones importantes para los investigadores que trabajan en áreas relacionadas. Aquí, presentamos un ejemplo de esto, con el desarrollo de tres nuevos módulos para el software OpenCASA (alojado en Github). El primero es un potente herramienta para estudiar el comportamiento quimiotáctico del esperma, analizando la acumulación de esperma en la vecindad directa de los estímulos. Este módulo fue validado comparando la acumulación de esperma de peces, con o sin la influencia de un atrayente. El análisis indicó claramente la acumulación celular en el grupo de tratamiento, mientras que la distribución del esperma fue aleatoria en el grupo de control. El segundo es el Módulo de Funcionalidad del Esperma, basado en la capacidad de reconocer cinco subpoblaciones de esperma de acuerdo con sus patrones de fluorescencia asociados con el estado de la membrana plasmática y el estado acrosomal. El último módulo es el Módulo de Concentración de Esperma, que amplía las utilidades de OpenCASA. Estos dos últimos módulos fueron validados, utilizando esperma de toro, comparándolos con el conteo visual por un observador. Se logró un alto nivel de correlación en casi todos los datos, y se obtuvo un buen acuerdo entre ambos métodos. Con estos módulos recién desarrollados, OpenCASA se consolida como una poderosa herramienta gratuita y de código abierto que permite.
Descripción
Los sistemas de análisis de esperma asistidos por computadora (CASA) pueden reducir los errores que ocurren en el análisis manual. Sin embargo, los sistemas comerciales de CASA a menudo no son aplicables en la vanguardia de investigaciones desafiantes. El desarrollo de software de código abierto puede ofrecer soluciones importantes para los investigadores que trabajan en áreas relacionadas. Aquí, presentamos un ejemplo de esto, con el desarrollo de tres nuevos módulos para el software OpenCASA (alojado en Github). El primero es un potente herramienta para estudiar el comportamiento quimiotáctico del esperma, analizando la acumulación de esperma en la vecindad directa de los estímulos. Este módulo fue validado comparando la acumulación de esperma de peces, con o sin la influencia de un atrayente. El análisis indicó claramente la acumulación celular en el grupo de tratamiento, mientras que la distribución del esperma fue aleatoria en el grupo de control. El segundo es el Módulo de Funcionalidad del Esperma, basado en la capacidad de reconocer cinco subpoblaciones de esperma de acuerdo con sus patrones de fluorescencia asociados con el estado de la membrana plasmática y el estado acrosomal. El último módulo es el Módulo de Concentración de Esperma, que amplía las utilidades de OpenCASA. Estos dos últimos módulos fueron validados, utilizando esperma de toro, comparándolos con el conteo visual por un observador. Se logró un alto nivel de correlación en casi todos los datos, y se obtuvo un buen acuerdo entre ambos métodos. Con estos módulos recién desarrollados, OpenCASA se consolida como una poderosa herramienta gratuita y de código abierto que permite.