La reproducción sexual a nivel tetraploide es una estrategia prometedora para la mejora de portainjertos en cítricos. Debido al origen interespecífico de la mayoría de los portainjertos diploides convencionales que produjeron el germoplasma tetraploide, la optimización de esta estrategia requiere un mejor conocimiento del comportamiento meiótico de los padres tetraploides. Este trabajo utilizó datos de Genotipado por Secuenciación (GBS) de 103 híbridos tetraploides para estudiar el comportamiento meiótico y generar un paisaje de recombinación de alta densidad para sus progenitores intergénicos Swingle citrumelo y limón Volkamer interespecífico. Se realizó un estudio de asociación genética con rasgos de arquitectura radicular. Para el citrumelo, se reveló un alto emparejamiento preferencial de cromosomas que condujo a una herencia intermedia con una tendencia disómica. La meiosis en el limón Volkamer fue más compleja que la del citrumelo, con patrones de segregación mixtos que iban de disomía a tetrasomía. El emparejamiento preferencial resultó en bajos niveles de recombinación interespecífica y alta transmisión de heterocigosidad interespecífica por los gametos diploides. Este comportamiento meiótico afectó la eficiencia de la detección de Loci de Rasgos Cuantitativos (QTL). Sin embargo, permitió una alta transmisión de genes candidatos de resistencia a enfermedades y plagas que son heterocigotos en el progenitor citrumelo. La estrategia tetrazyg, utilizando diploides duplicados de origen interespecífico como padres, parece ser eficiente en la transferencia de los rasgos dominantes seleccionados a nivel parental a las progenies tetraploides.