La gestión de la fertilización de plantas es una preocupación importante de los cultivadores de invernaderos para lograr una producción sostenible con medios de cultivo (GM) en crecimiento. La fertilización orgánica es popular pero es más difícil de controlar, ya que los compuestos orgánicos primero necesitan ser mineralizados por microbios. Después de 7, 14, 28 y 56 días de incubación, investigamos la respuesta de las actividades microbianas y liberaciones de nutrientes de tres fertilizantes orgánicos frecuentemente utilizados (cuerno y dos fertilizantes a base de plantas) en tres tipos de GM frecuentemente empleados (turba, fibra de coco y corteza). Medimos el pH, la conductividad eléctrica, los contenidos de nutrientes (NH-N, NO-N, PO-P, SO-S) y las actividades enzimáticas (beta-1,4-glucosidasa, ureasa, fosfatasa ácida, arilsulfatasa). Después de la fertilización, los microbios en fibra de coco expresaron todas las funciones de C, N, P y S estudiadas, poniendo a disposición los nutrientes relacionados. En turba y corteza, algunas vías relacionadas con C, N, P y S estaban bloqueadas. La turba presentó altas liberaciones de NH-N y PO-P vinculadas a altas actividades de fosfatasa ácida y beta-glucosidasa, mientras que la corteza mostró altas tasas de nitrificación pero actividades enzimáticas débiles. Los tipos de fertilizantes modularon estas respuestas con actividades y liberaciones de nutrientes más bajas con cuerno. Nuestros resultados contribuyeron a una mejor comprensión de los procesos de mineralización en GM, mostrando diferentes respuestas microbianas a la fertilización. Este estudio señaló la necesidad de profundizar en las funciones microbianas en GM optimizando propiedades biológicas y fisicoquímicas.