Los servicios ecosistémicos se pueden definir como la contribución del ecosistema a las actividades humanas. Según evaluaciones recientes, el sector agrícola es uno de los usuarios económicos más importantes de los servicios ecosistémicos en Europa. Evaluar, valorar y contabilizar los servicios ecosistémicos relacionados con el sistema agroalimentario ofrece la posibilidad de medir e investigar cómo las prácticas de gestión agrícola junto con las condiciones ambientales cambiantes pueden afectar la resiliencia ecológica. Sin embargo, la contabilidad de los flujos de servicios ecosistémicos debe abordarse con cuidado, porque la superposición de servicios y beneficios y la superposición de lo que se considera servicios intermedios y finales podrían crear malentendidos peligrosos sobre el papel y la importancia de los servicios ecosistémicos en la agricultura. Este documento informa sobre los posibles enfoques contables que se pueden utilizar para evaluar la provisión de cultivos, así como sus significados e implicaciones desde una perspectiva ecológica hasta una económica. Los resultados demuestran que una evaluación basada en la contabilidad económica de los servicios ecosistémicos necesita pasar de una visión ecológica holística a una desagregación uno a uno de los servicios ecosistémicos para evitar subestimaciones que, en última instancia, afectarían la percepción política del papel de los ecosistemas con respecto a la resiliencia de los sistemas agroalimentarios.