Este trabajo presenta el desarrollo de un sistema de medición automático y personalizado que emplea convertidores analógico-digitales sigma-delta y amplificadores transimpedancia para mediciones precisas de señales de voltaje y corriente generadas por celdas de combustible microbianas (MFCs). El sistema puede realizar protocolos de descarga de múltiples pasos para medir con precisión la potencia de salida de las MFCs, y ha sido calibrado para garantizar mediciones de alta precisión y bajo ruido. Una de las características clave del sistema de medición propuesto es su capacidad para realizar mediciones a largo plazo con pasos de tiempo variables. Además, es portátil y rentable, lo que lo hace ideal para su uso en laboratorios sin instrumentación de banco sofisticada. El sistema es ampliable, variando de 2 a 12 canales mediante la adición de placas de doble canal, lo que permite probar múltiples MFCs simultáneamente. La funcionalidad del sistema fue probada utilizando una configuración de seis canales, y los resultados demostraron su capacidad para detectar y distinguir señales de corriente de diferentes MFCs con características de salida variables. Las mediciones de potencia obtenidas con el sistema también permiten determinar la resistencia de salida de las MFCs en prueba. En general, el sistema de medición desarrollado es una herramienta útil para caracterizar el rendimiento de las MFCs, y puede ser útil en la optimización y desarrollo de tecnologías de producción de energía sostenible.