La disimilitud promedio por pares (APD) entre una muestra de planta y otras muestras analizadas basadas en marcadores genéticos se desarrolló en 2006 para evaluar la distinción genética y la redundancia genética en una colección de germoplasma vegetal. Con la disponibilidad de abundantes variantes genómicas a lo largo de un genoma, el APD se puede ampliar para medir la distinción genómica individual. Este estudio se llevó a cabo para evaluar la aplicabilidad de las estimaciones de APD en la medición de la distinción genómica individual de 1789 muestras de arroz indica y 854 muestras de arroz japonica basadas en datos publicados de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) y variantes estructurales (SV) a nivel del genoma. Se encontró que las estimaciones de APD adquiridas estaban débil o no correlacionadas entre los conjuntos de datos de SNP y SV en las muestras indica o japonica, respectivamente. Para las muestras indica, las estimaciones de APD basadas en los datos de SNP y SV variaron de 0.1779 a 0.3277 y de 0.2297 a 0.4096, respectivamente. Para las muestras japonica, las estimaciones de APD basadas en SNP y SV variaron de 0.1774 a 0.3029 y de 0.1534 a 0.3459, respectivamente. Estas estimaciones de APD estaban altamente correlacionadas negativamente con las estimaciones de coeficientes de endogamia individuales y pueden identificar el germoplasma de arroz más genómicamente distinto que es compatible con aquellos revelados a través del análisis de componentes principales. Además, se encontró que una estimación confiable de APD requería de 5000 a 10,000 SNPs o SVs genómicos aleatorios. Estos hallazgos son significativos, no solo al demostrar la capacidad informativa de las estimaciones de APD en la identificación de individuos con distinción genómica variable, sino también al proporcionar orientación para las aplicaciones de APD para medir la distinción genómica individual.