La medicina genómica se ha convertido en una realidad en crecimiento; sin embargo, aún está dando sus primeros pasos en la medicina veterinaria. A través de este enfoque, será posible trazar el perfil genético de un individuo determinado y así conocer su susceptibilidad a ciertas enfermedades, a saber, la enfermedad periodontal. Esta condición es una de las más diagnosticadas en clínicas de animales de compañía, especialmente en perros. Debido a la limitada información existente y la falta de estudios exhaustivos, el objetivo del presente estudio fue revisar sistemáticamente la literatura científica existente sobre la medicina genómica en la enfermedad periodontal canina y determinar qué genes ya han sido estudiados y su probable potencial. Este estudio siguió las recomendaciones de la metodología PRISMA 2020. La enfermedad periodontal canina aliada a la medicina genómica fueron los temas de esta revisión sistemática. Solo seis artículos cumplieron con todos los criterios de inclusión, y estos fueron analizados en detalle. Estos estudios describieron variaciones genéticas en los siguientes genes: interleucina-6, interleucina-10, interleucina-1, lactotransferrina, receptor tipo toll 9 y activador del receptor del factor nuclear kappa B. Solo en dos de ellos, a saber, los genes interleucina-1 y receptor tipo toll 9, las variaciones genéticas identificadas pueden explicar la susceptibilidad que ciertos individuos tienen al desarrollo de la enfermedad periodontal. Es necesario ampliar los estudios sobre las variaciones polimórficas existentes en los genes y su relación con el desarrollo de la enfermedad periodontal. Solo entonces será posible comprender completamente los mecanismos biológicos que están involucrados en esta enfermedad y que determinan la susceptibilidad a su desarrollo.