El trigo ( spp.) es un cultivo de cereal domesticado hace más de 8000 años y el segundo alimento más consumido en la actualidad. Desde que la humanidad tiene registros escritos, las enfermedades de roya de los cereales han sido una dolorosa conciencia en la antigüedad documentada en el Antiguo Testamento (alrededor del 750 a.C.). El patógeno que causa la enfermedad de la roya del tallo del trigo se encuentra entre los primeros patógenos de plantas identificados en el siglo XVIII, lo que sugiere que el trigo y los patógenos de la roya han coexistido durante miles de años. Con las avanzadas tecnologías moleculares, se han secuenciado los genomas del trigo y de la roya, y se han estudiado extensamente las interacciones entre el hospedador y los patógenos de la roya a niveles moleculares. En esta revisión, resumimos la investigación a nivel molecular y organizamos los hallazgos en función de los pasos de patogénesis de germinación, penetración, formación de haustorios y colonización de las royas para presentar los mecanismos moleculares de la co-evolución del trigo y los patógenos de la roya.