La conservación genética de los bosques es típicamente específica de especies y no integra la interacción interespecífica y la estructura de la comunidad. Se centra principalmente en las teorías de la genética de poblaciones y la genética cuantitativa. Este enfoque describe los patrones intraespecíficos de la estructura genética de la población derivados de marcadores genéticos y la diferenciación genética de rasgos cuantitativos adaptativos en ensayos de procedencia. Sin embargo, descuida la posible interacción interespecífica en los bosques naturales y pasa por alto la hibridación natural o la subspeciación. Proponemos que la diversidad genética de una especie dada en una comunidad forestal está moldeada tanto por procesos evolutivos de población intraespecífica como por procesos comunitarios interespecíficos, y ampliamos el concepto tradicional de conservación genética de bosques bajo el marco de la ecología de comunidades. Mostramos que una filogenia específica de la comunidad derivada de marcadores moleculares nos permitiría explorar los mecanismos genéticos de una especie de árbol interactuando con otras especies residentes. También facilitaría la exploración del papel ecológico de una especie en la asamblea de la comunidad forestal y la relación taxonómica de la especie con otras especies específicas de su comunidad forestal residente. La beta-diversidad filogenética evaluaría las similitudes y diferencias de una especie de árbol entre comunidades en relación con la función ecológica, la fuerza de la presión de selección y la naturaleza y extensión de su interacción con otras especies. Nuestra propuesta de conservación genética de bosques que integra variaciones genéticas de población intraespecífica y comunitaria interespecífica es adecuada para conservar un complejo de especies taxonómicas y mantener su potencial evolutivo en bosques naturales. Esto proporciona información complementaria a las estrategias de conservación convencionales basadas en la genética de poblaciones y la genética cuantitativa.