Las recientes innovaciones en el aclaramiento de tejidos y la microscopía de hoja de luz permiten la adquisición rápida de imágenes intactas de resolución micrométrica en muestras etiquetadas con fluorescencia. Los métodos automatizados, precisos y de alto rendimiento de segmentación nuclear están muy demandados para cuantificar el número de células y evaluar el coetiquetado de marcadores específicos de tipo celular. La completa cuantificación de las diferencias a nivel celular en modelos animales manipulados genéticamente permitirá localizar diferencias estructurales en órganos mucho más allá de lo que se ha logrado previamente a través de histología en secciones o resonancia magnética.