El aguacate es un cultivo económicamente importante que se cultiva ampliamente en las regiones tropicales y subtropicales de China. Sin embargo, hay una falta de información suficiente sobre los orígenes raciales y la diversificación genética del germoplasma nativo de aguacate. Con base en un análisis de genotipado de PCR específico de razas, las 56 accesiones de aguacate examinadas en este estudio fueron clasificadas como híbridos complejos, a saber, híbridos Guatemalteco x Mexicano x Antillano. Las relaciones genéticas entre las accesiones de aguacate fueron evaluadas en función de una evaluación de rasgos de calidad y caracterización molecular. El contenido total de flavonoides fue relativamente útil para diferenciar entre las accesiones de aguacate nativas. Un análisis de conglomerados, así como análisis de componentes principales y coordinados de rasgos de calidad y características moleculares diferenciaron las accesiones de aguacate, pero no según los orígenes geográficos. Por lo tanto, el flujo artificial de germoplasma de aguacate o intercambios de semillas entre agricultores dentro de regiones específicas puede haber contribuido a los antecedentes genéticos similares del germoplasma de aguacate de diferentes colecciones.