Este estudio informa sobre el desarrollo de un conjunto de 20 marcadores SSR genómicos altamente polimórficos que pueden ser utilizados tanto para la identificación de cultivares como para estudios de diversidad genética en varias especies, incluyendo algunas de las más populares como el orégano griego (L. ssp.), el orégano común (L. ssp.) y la mejorana dulce (L.). El análisis del contenido de información polimórfica (PIC) mostró un valor promedio de PIC de 0.75, con un mínimo de 0.41 y un máximo de 0.89, donde 17 de los marcadores mostraron valores de PIC superiores a 0.73. El análisis comparativo de la diversidad genética de ocho poblaciones naturales de orégano griego en Bulgaria mostró que seis de los marcadores SSR genómicos revelaron porciones de diversidad genética significativamente más altas en las poblaciones, en comparación con 12 marcadores EST SSR utilizados en nuestro estudio anterior. También comparamos el rendimiento de los mismos seis marcadores SSR genómicos con los resultados de ocho combinaciones de cebadores SRAP, que mostraron que los marcadores SRAP capturaron de manera más precisa la estructura genética en poblaciones naturales. Los marcadores SSR genómicos altamente polimórficos desarrollados pueden aplicarse con éxito a la evaluación de la diversidad genética en el género, basándose en la heterocigosidad esperada y observada en las poblaciones, así como para la identificación fácil de líneas de cría y cultivares basándose en huellas dactilares SSR únicas.