El virus Y de la papa (PVY) y (Mont.) de Bary que causa el tizón tardío de la papa (LB), representan serias limitaciones para las papas cultivadas debido a una reducción significativa en el rendimiento, y la fenotipificación para la resistencia sigue siendo un desafío. Las operaciones de cría para cultivos propagados vegetativamente pueden llevar a errores en la identificación genotípica que, a su vez, reducen las ganancias genéticas. La evaluación de marcadores moleculares de baja densidad y bajo costo para la predicción del fenotipo y el control de calidad es una opción viable para los programas de cría. Aquí, informamos sobre el desarrollo de marcadores de PCR específicos de alelos competitivos (KASP) para la resistencia al LB y PVY, y para la evaluación rutinaria del control de calidad de diferentes poblaciones de cría. Dos marcadores KASP para la resistencia al LB y dos para PVY fueron validados con una potencia estimada del ensayo que osciló entre 0.65 y 0.88. Los marcadores de KASP de control de calidad desarrollados demostraron la capacidad de discriminar llamadas tetraploides en materiales de cría, incluidos los hermanos completos y medios hermanos. La implementación rutinaria de los marcadores desarrollados en un programa de cría ayudaría a una mejor asignación de recursos y permitiría una caracterización precisa del material de cría, lo que llevaría a un aumento en las ganancias genéticas.