Esta revisión analiza el papel de los ácidos grasos y los aminoácidos como biomarcadores de la salud intestinal y la actividad de la microbiota en perros y gatos con enteropatías inflamatorias crónicas (EIC). Las alteraciones en los ácidos grasos de cadena corta, los ácidos grasos poliinsaturados de cadena larga y los perfiles de aminoácidos están vinculadas a la mala absorción, la disbiosis y la disregulación inmune. Estos metabolitos podrían ayudar a diferenciar entre los tipos de EIC y a monitorear la respuesta al tratamiento dietético.