Se utilizaron marcadores microsatélites para evaluar la diversidad genética y la estructura genética en una colección de germoplasma de mostaza amarilla, L. La colección integral de recursos genéticos representó 187 variedades registradas, razas locales y materiales de cría. Los microsatélites generaron 44 alelos polimórficos en 15 loci. Once de ellos fueron de polimorfismo medio a alto, y los altos niveles de heterocigosidad observada (0.12-0.83) y el índice de diversidad genética de Nei (0.11-0.68) indicaron un alto nivel de polimorfismo. Basado en análisis de PCoA y de agrupamiento vecino, los recursos genéticos se dividieron en dos grupos. El rango de disimilitud genética en la colección analizada fue de 0.00-1.00. El alto nivel de disimilitud entre los accesos fue documentado por el alto valor de WAM (33.82%). Se realizaron algoritmos de agrupamiento bayesiano en el software STRUCTURE 2.3.4. El número de grupos se estimó en K = 2. Los accesos fueron clasificados de acuerdo a los valores Q1/Q2. Los bajos valores promedio de los parámetros Fst_1 (0.3482), Fst_2 (0.1916) y el parámetro alfa (0.0602) indicaron barreras de apareamiento sustanciales entre variedades y aislamiento reproductivo debido al limitado intercambio de recursos genéticos entre criadores. Estos resultados demostraron la importancia de colecciones extensas de recursos genéticos para el mantenimiento de la diversidad genética e indicaron una considerable diferenciación genética entre accesos.