Las enteropatías inflamatorias crónicas (EIC) se clasifican en función de ensayos de tratamiento, y se están buscando nuevos métodos para una diferenciación y caracterización más tempranas. La infección (GIA) es uno de los primeros diagnósticos diferenciales y puede estar presente en perros afectados por EIC. El objetivo de este estudio fue evaluar las características fecales y el perfil de ácidos grasos fecales (ácidos grasos de cadena corta, media, larga y ramificada) en perros con enteropatía sensible a alimentos (ESA), enteropatía sensible a inmunosupresores (ESI) y perros infectados en comparación con animales de control sanos (CS) como un posible indicador no invasivo de salud intestinal que ayude en la diferenciación de las EIC. El porcentaje de C16:1n-7 ( = 0.0001) y la relación C16:1n-7/C16:0 ( = 0.0001) sirvieron para diferenciar entre CS, ESA y ESI. Los perros con ESI presentaron niveles más bajos de ácidos grasos de cadena corta (SumSCFAs) ( = 0.0008) y ácido acético (C2) ( = 0.0007) en comparación con los otros tres grupos y niveles más bajos de ácido propiónico (C3) ( = 0.0022) en comparación con los CS. Los perros con ESI y GIA presentaron un mayor contenido de grasa fecal ( = 0.0080) y una relación de ácidos grasos de cadena ramificada iso/anteiso (BCFAs) en comparación con CS y ESA. Se observaron correlaciones entre algunos ácidos grasos e índices de desaturación con el índice de actividad de la enfermedad inflamatoria intestinal canina y características fecales, sugiriendo que estos compuestos podrían desempeñar un papel importante en la patogénesis de estas enfermedades.