El oídio (PM) es una enfermedad fúngica que ocurre tanto en condiciones de campo como de invernadero en todo el mundo. Infecta a muchas especies de plantas y reduce tanto la productividad como la calidad de los cultivos. El melón (L.) es un cultivo económicamente importante. Con el fin de desarrollar un marcador molecular que pueda ser utilizado de manera más conveniente en el desarrollo de un melón resistente al oídio utilizando los recursos de melón MR-1, se mejoró el marcador de secuencia polimórfica amplificada clivada (CAPS) previamente reportado con un marcador de PCR de polimorfismo de longitud. Se han reportado dos marcadores CAPS clivados - BSA12-LI3ECORI y BSA12-LI4HINFI - asociados con, un locus de rasgo cuantitativo (QTL) importante correspondiente a la resistencia al PM de MR-1. En este estudio, encontramos que en el marcador CAPS BSA12-LI3ECORI específicamente, se presentaba una deleción de 41 pb en la región de ADN de PCR del genoma del melón MR-1. Se produjo un nuevo marcador capaz de distinguir el polimorfismo de longitud de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) utilizando la información de inserción-deleción (InDel) en esta región. Este marcador InDel basado en PCR distinguía los genotipos de MR-1 resistente al PM, Top Mark susceptible al PM y su descendencia F1. Estos resultados sugieren que este marcador InDel podría ser utilizado para desarrollar variedades de melón resistentes al PM basadas en MR-1.