El yak fue domesticado en el QTP de gran altitud. La investigación sobre su diversidad genética y estructura poblacional es limitada. En este estudio, re-secuenciamos el genoma de 494 yaks domésticos utilizando la Secuenciación de Fragmentos Amplificados en Locus Específico (SLAF-seq). La encuesta se realizó en seis poblaciones muestreadas de ubicaciones aisladas en China con el fin de analizar su estructura y diversidad genética. Estas seis poblaciones domésticas se agruparon claramente en dos clústeres independientes, con Jinchuan, Changtai y Jiulong mostrando una estrecha relación genética con el yak salvaje. Las vías de desarrollo nervioso se enriquecieron con el análisis de enriquecimiento GO de 334 genes domesticados. Se detectaron regiones genómicas principales asociadas con la diferenciación de los yaks domésticos. Estos hallazgos proporcionan información preliminar sobre la variabilidad del genoma del yak, útil para comprender las características genómicas de diferentes poblaciones en el QTP.