El estrés por alta temperatura puede causar graves daños abióticos que limitan el rendimiento y la calidad de las plantas de algodón. La Tolerancia al Calor (HT) durante las diferentes etapas de desarrollo del algodón puede garantizar un alto rendimiento bajo estrés por calor. HT es un rasgo complejo que está regulado por múltiples loci de rasgos cuantitativos (QTLs). En este estudio, la población F derivada de un cruce entre MNH-886, un cultivar tolerante al calor, y MNH-814, una variedad sensible al calor, se utilizó para mapear los QTLs de HT durante diferentes etapas morfológicas en el algodón. Se construyó un mapa genético que cubre 4402.7 cm, con 175 loci de marcadores y 26 grupos de ligamiento, utilizando esta población F (94 individuos). Esta población fue evaluada para 23 diferentes rasgos morfo-fisiológicos que contribuyen a la HT. El análisis de QTL a través del mapeo del intervalo compuesto detectó 17 QTLs: tres QTLs para el Número Total de Símpodes (TNS), Longitud de Bráctea (LOB) y Longitud de Columna Estaminal (LOS); dos QTLs para la Altura del Primer Nodo Símpode (FSH), y un QTL cada uno para Altura del Nodo Símpode (SNH), Porcentaje de Fijación de Capullos en la segunda posición a lo largo de los Símpodes (PBS), Número Total de Nodos (TNN), Número de Capullos (NOB), Número Total de Yemas (TNB) y Longitud de Pétalo (LOP). Individualmente, los QTLs representaron del 7.76% al 36.62% de la variación fenotípica. Los QTLs identificados vinculados con rasgos de tolerancia al calor pueden facilitar la cría asistida por marcadores para la tolerancia al calor en el algodón.