La marchitez bacteriana del alfalfal (L.), reportada por primera vez en los Estados Unidos en 1904, ha surgido recientemente como un problema serio de enfermedad en los estados del oeste. El agente causal, pv., promueve daños por heladas y enfermedades que pueden reducir los rendimientos de la primera cosecha en un 50%. Faltan cultivares resistentes y una comprensión de las interacciones huésped-patógeno en este patosistema. Con el objetivo de identificar marcadores de ADN asociados con la resistencia a la enfermedad, desarrollamos poblaciones de mapeo biparentales F utilizando plantas del cultivar ZG9830. Las hojas de las plantas en las poblaciones de mapeo fueron inoculadas con una suspensión bacteriana utilizando una jeringa sin aguja y se evaluaron los síntomas de la enfermedad. Las poblaciones bacterianas se midieron mediante cultivo en placa y utilizando un ensayo de PCR cuantitativa. Sorprendentemente, las hojas con pocos o ningún síntoma tenían cargas bacterianas similares a las hojas con síntomas severos de enfermedad, lo que indica que las plantas sin síntomas eran tolerantes al bacterio. La genotipificación por secuenciación identificó 11 marcadores SNP significativos asociados con el fenotipo de tolerancia. Este es el primer estudio en identificar marcadores de ADN asociados con la tolerancia a . Estos resultados proporcionan información sobre las respuestas del huésped y ofrecen marcadores que pueden ser utilizados en programas de mejoramiento del alfalfal para desarrollar cultivares mejorados que gestionen la marchitez bacteriana del alfalfal.