Mapas de Vínculo de Alta Densidad de Líneas Recombinantes Endogámicas de Arroz Japonés Utilizando Genotipado por Secuenciación de Amplicones Aleatorios - Directo (GRAS-Di)
Autores: Fekih, Rym; Ishimaru, Yohei; Okada, Satoshi; Maeda, Michihiro; Miyagi, Ryutaro; Obana, Takahiro; Suzuki, Kazuyo; Inamori, Minoru; Enoki, Hiroyuki; Yamasaki, Masanori
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Mapas de Vínculo de Alta Densidad de Líneas Recombinantes Endogámicas de Arroz Japonés Utilizando Genotipado por Secuenciación de Amplicones Aleatorios - Directo (GRAS-Di)
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Disección genética
Cultivares de arroz japonés
GRAS-Di
Mapas de ligamiento genético
Poblaciones de líneas recombinantes endogámicas
QTLs
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
La disección genética de rasgos agronómicamente importantes en cultivares de arroz japonés estrechamente relacionados aún está en su infancia, principalmente debido a la estrecha diversidad genética dentro de los cultivares de arroz. En un intento por desvelar el potencial polimorfismo entre cultivares de arroz japonés estrechamente relacionados, utilizamos un método de genotipado basado en secuenciación de nueva generación: genotipado por secuenciación de amplicones aleatorios-directo (GRAS-Di) para desarrollar mapas de ligamiento genético. En este estudio, se utilizaron cuatro poblaciones de líneas recombinantes endogámicas (RIL) y sus padres. Un número final de RIL de 190 para RIL71, 96 para RIL98, 95 para RIL16 y 94 para RIL91 derivadas de cruces entre un cultivar de arroz japonés líder común, Koshihikari, y Yamadanishiki, Taichung 65, Fujisaka 5 y Futaba, respectivamente, y las plantas parentales fueron sometidas a la construcción de bibliotecas GRAS-Di y secuenciación. Se generaron aproximadamente 438.7 Mbp, 440 Mbp, 403.1 Mbp y 392 Mbp de bases llamadas que cubren el 97.5%, 97.3%, 98.3% y 96.1%, respectivamente, de la secuencia del genoma de arroz estimada a una profundidad promedio de 1x. El análisis de los datos genotípicos identificó 1050, 1285, 1708 y 1704 marcadores para cada una de las poblaciones RIL mencionadas, respectivamente. Los marcadores generados por GRAS-Di se organizaron en mapas de ligamiento y se compararon con los generados por el ensayo SNP de GoldenGate de las mismas poblaciones RIL; la distancia genética promedio entre marcadores mostró una clara disminución en las cuatro poblaciones RIL cuando integramos marcadores de ambos mapas de ligamiento. Los estudios genéticos utilizando estos marcadores localizaron con éxito cinco QTLs asociados con la fecha de espigado en los cromosomas 3, 6 y 7, que previamente se habían identificado como , , , , y . Por lo tanto, la tecnología GRAS-Di proporcionó un genotipado de bajo costo y eficiente para superar la estrecha diversidad genética en cultivares de arroz japonés estrechamente relacionados y nos permitió generar un mapa de ligamiento de alta densidad en este germoplasma.
Descripción
La disección genética de rasgos agronómicamente importantes en cultivares de arroz japonés estrechamente relacionados aún está en su infancia, principalmente debido a la estrecha diversidad genética dentro de los cultivares de arroz. En un intento por desvelar el potencial polimorfismo entre cultivares de arroz japonés estrechamente relacionados, utilizamos un método de genotipado basado en secuenciación de nueva generación: genotipado por secuenciación de amplicones aleatorios-directo (GRAS-Di) para desarrollar mapas de ligamiento genético. En este estudio, se utilizaron cuatro poblaciones de líneas recombinantes endogámicas (RIL) y sus padres. Un número final de RIL de 190 para RIL71, 96 para RIL98, 95 para RIL16 y 94 para RIL91 derivadas de cruces entre un cultivar de arroz japonés líder común, Koshihikari, y Yamadanishiki, Taichung 65, Fujisaka 5 y Futaba, respectivamente, y las plantas parentales fueron sometidas a la construcción de bibliotecas GRAS-Di y secuenciación. Se generaron aproximadamente 438.7 Mbp, 440 Mbp, 403.1 Mbp y 392 Mbp de bases llamadas que cubren el 97.5%, 97.3%, 98.3% y 96.1%, respectivamente, de la secuencia del genoma de arroz estimada a una profundidad promedio de 1x. El análisis de los datos genotípicos identificó 1050, 1285, 1708 y 1704 marcadores para cada una de las poblaciones RIL mencionadas, respectivamente. Los marcadores generados por GRAS-Di se organizaron en mapas de ligamiento y se compararon con los generados por el ensayo SNP de GoldenGate de las mismas poblaciones RIL; la distancia genética promedio entre marcadores mostró una clara disminución en las cuatro poblaciones RIL cuando integramos marcadores de ambos mapas de ligamiento. Los estudios genéticos utilizando estos marcadores localizaron con éxito cinco QTLs asociados con la fecha de espigado en los cromosomas 3, 6 y 7, que previamente se habían identificado como , , , , y . Por lo tanto, la tecnología GRAS-Di proporcionó un genotipado de bajo costo y eficiente para superar la estrecha diversidad genética en cultivares de arroz japonés estrechamente relacionados y nos permitió generar un mapa de ligamiento de alta densidad en este germoplasma.