La soja (L. Merr.) es rica en proteínas, grasas y otros nutrientes, y la mejora genética del contenido de proteínas de la soja ha sido durante mucho tiempo un enfoque clave de investigación en los programas de cría. Basado en la población de líneas de sustitución de segmentos cromosómicos (CSSL), este estudio seleccionó líneas objetivo dentro de esta población utilizando información genotípica y fenotípica para establecer una población de mapeo inicial para el contenido de proteínas en semillas de soja. A través del análisis de un solo marcador, se mapeó un intervalo de locus de rasgo cuantitativo (QTL) a la región entre 26,705,080 bp y 33,180,908 bp en el cromosoma 16, designado como . Se construyó una población segregante secundaria basada en los resultados de mapeo inicial para un mapeo fino, que redujo el intervalo a 0.076 Mb. Se identificaron un total de 9 genes candidatos dentro de este intervalo. Al comparar las secuencias de aminoácidos y promotores entre los dos padres, realizar un análisis de PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) y llevar a cabo un análisis de haplotipos, se predijo preliminarmente como un gen candidato que afecta el contenido de proteínas en semillas de soja. Los sitios de variación de polimorfismo de nucleótido único (SNP) en su región promotora estaban significativamente asociados con la variación en el contenido de proteínas en la población de recursos. Este estudio proporciona una importante guía teórica para desentrañar el mecanismo genético del contenido de proteínas en semillas de soja y avanzar en su mejora de cría.