La longitud del antero es el rasgo floral crítico que determina la producción de semillas de arroz híbrido y está controlada por muchos loci de rasgos cuantitativos (QTL). Sin embargo, la clonación de genes que controlan específicamente el tamaño del antero aún no se ha reportado. Aquí, informamos el mapeo fino del tamaño del antero utilizando líneas endogámicas de retrocruzamiento (BILs) en el fondo genético de Huazhan (HZ). El análisis de chips de genes en la población BCF y BCF identificó loci efectivos en Chr1, Chr5 y Chr8 y dos regiones genómicas en Chr5, nombradas y . fue identificada en ambas poblaciones con valores de LOD de 17.54 y 10.19, que explicaron el 35.73% y el 25.1% de las varianzas fenotípicas, respectivamente. Finalmente, fue localizada en una región de 73 kb entre HK139 y HK140 en el cromosoma 5. Y construimos dos líneas casi isogénicas (NILs) para el análisis de RNA-seq, nombradas NIL-qAL5.2 y NIL-qAL5.2, respectivamente. El resultado del análisis de enriquecimiento de GO reveló que los genes diferenciales estaban significativamente enriquecidos en el proceso metabólico de carbohidratos, región extracelular y unión a ácidos nucleicos, y el análisis de enriquecimiento de KEGG reveló que el metabolismo del ácido alfa-linolénico estaba significativamente enriquecido. Mientras tanto, los genes candidatos de fueron analizados en RNA-seq, y se encontró que se expresa diferencialmente entre NIL-qAL5.2 y NIL-qAL5.2. El mapeo fino de la longitud del antero promoverá la mejora de la línea restauradora y la comprensión de los mecanismos que impulsan los patrones de apareamiento de cultivos.