Las características del arroz integral son críticas tanto para el rendimiento del grano como para la calidad. En el presente estudio, la población de líneas de sustitución de segmentos cromosómicos (CSSLs) derivada de un cruce entre Koshihikari y Nona Bokra se utilizó para analizar la longitud del arroz integral (BRL), el ancho del arroz integral (BRW), la relación longitud-anchura del arroz integral (BLWR), el grosor del arroz integral (BRT), el perímetro del arroz integral (BRP), el área del arroz integral (BRA), el peso de mil granos del arroz integral (BRGW), la proporción de arroz integral (BRR), el valor de sabor del arroz integral (BTV) y el contenido de agua del arroz integral (BWC). El análisis de correlaciones mostró que la mayoría de las características del arroz integral tenían correlaciones significativas entre sí, excepto por BRR, BTV y BWC. Se identificaron un total de sesenta y un QTL para estas características bajo tres ambientes, que se asignaron a los cromosomas 1, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 10, 11 y 12, con un LOD que varía de 2.52 a 16.68 y que representa del 2.60 al 25.38% de las variaciones fenotípicas totales. Además, se estimaron treinta pares de interacciones epistáticas para BRL, BRW, BLWR, BRP y BRA y se distribuyeron en todos los cromosomas excepto en el 10. Estos hallazgos proporcionarán una mayor comprensión de la base genética de las características del arroz integral y facilitarán la mejora genética del rendimiento y la calidad del arroz a través de la cría.