Comprender el trasfondo genético de la tolerancia a la sequía en el frijol común (L.) puede ayudar a mejorar su resistencia. Sin embargo, los estudios de respuesta a la sequía en genotipos de origen andino de semillas grandes son insuficientes. Aquí, se creó un nuevo mapa genético de ligamiento intra-poblacional andino para el mapeo de loci de rasgos cuantitativos (QTL) de rasgos responsivos a la sequía en una población de líneas endogámicas recombinantes de un cruce de dos cultivares que difieren en su respuesta a la sequía. El análisis del ambiente único y del QTL x ambiente reveló 49 QTL para fisiología, fenología y rasgos asociados al rendimiento bajo condiciones de control y/o sequía. QTLs notables para días a la floración (Df1.1 y Df 1.2) estaban co-localizados con un QTL putativo para días a las vainas (Dp1.1) en el grupo de ligamiento 1, sugiriendo pleiotropía para los genes que los controlan. Se detectaron QTLs con efectos estables para el número de semillas por vaina (Sp2.1) en ambas temporadas y QTLs putativos para el potencial hídrico (Wp1.1, Wp5.1). Los QTLs detectados fueron validados proyectándolos en el mapa de ligamiento de consenso del frijol común. Los QTLs asociados a la respuesta a la sequía identificados en la novedosa población de líneas endogámicas recombinantes andinas (RIL) confirmaron el potencial del germoplasma andino en mejorar la tolerancia a la sequía en el frijol común. Los QTLs asociados al rendimiento Syp1.1, Syp1.2 y Sp2.1 en particular podrían ser útiles para la selección asistida por marcadores para un mayor rendimiento de los frijoles comunes andinos.