La zeaxantina es un carotenoide xantófilo que se encuentra de forma natural en fuentes dietéticas. En particular, el maíz dulce es una fuente importante de zeaxantina dietética. Para investigar la base genética de la regulación del contenido de zeaxantina en el maíz dulce, se construyó una población de líneas recombinantes endogámicas (RIL) compuesta por 191 familias utilizando dos líneas endogámicas (K44 y F22) con contenido de zeaxantina contrastante en el grano. Se determinó el contenido de zeaxantina en los granos secos de esta población cultivada en diferentes ubicaciones utilizando cromatografía líquida de alta resolución (HPLC). Posteriormente, se utilizaron 175 marcadores de repeticiones simples polimórficas (SSR) para construir un mapa de ligamiento con una longitud total de 4322.37 cM y una distancia promedio de 24.4 cM. Se detectaron un total de ocho QTLs ubicados en los cromosomas 4, 5, 7, 9 y 10. Los QTLs ubicados en umc1632-umc1401 en el cromosoma 7 se detectaron en diferentes entornos y explicaron entre el 11.28% y el 20.25% de la variación fenotípica, lo que implica que es el principal QTL que controla el contenido de zeaxantina en los granos secos de maíz dulce. En conjunto, el presente estudio proporciona un mapa genético y una guía teórica para el cultivo de variedades de maíz dulce con un alto contenido de zeaxantina.