Los loci de rasgos cuantitativos (QTL) son regiones genómicas asociadas con la variación fenotípica de rasgos cuantitativos. Hasta la fecha, se han reportado un total de 313 QTL para 31 rasgos cuantitativos en 14 estudios sobre lino. De estos, 200 QTL de 12 estudios fueron identificados basados en mapas genéticos, secuencias de andamios o pseudomoléculas a escala cromosómica prelanzadas. Los marcadores moleculares para la identificación de QTL difirieron entre estudios, pero los más utilizados fueron repeticiones de secuencias simples (SSRs) o polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs). Para mapear de manera única los marcadores SSR y SNP de diferentes referencias a las pseudomoléculas a escala cromosómica recientemente lanzadas, se desarrollaron métodos con varios scripts y archivos de bases de datos para localizar marcadores basados en PCR y SNP en la misma referencia, co-localizar QTL y escanear genes candidatos en todo el genoma. Utilizando estos métodos, 195 de 200 QTL se clasificaron con éxito en los 15 cromosomas de lino y se agruparon en 133 grupos de QTL co-localizados; también se predijeron los genes candidatos que se co-localizaron con estos grupos de QTL. Los métodos y herramientas presentados en este artículo facilitan el remapeo de marcadores a una nueva referencia, el análisis de QTL en todo el genoma, el escaneo de genes candidatos y las aplicaciones de cría en lino y otros cultivos.