Las larvas de mariposa muestran capacidades cognitivas y comportamientos intrincados, pero se sabe relativamente poco sobre cómo esos comportamientos alteran sus cerebros a nivel molecular. Aquí, optimizamos un protocolo de reacción en cadena de hibridación 3.0 (HCR v3.0) para visualizar la expresión de múltiples moléculas de ARN en cerebros larvales fijos de la mariposa africana. Optimizamos los pasos de montaje en gel de poliacrilamida, fijación y permeabilización de la muestra, y mapeamos los dominios de expresión de diez genes en tejido cerebral larval completo a resolución de una sola célula. Los genes incluidos fueron (), , (), (), (), , (), (), (), y (). Este método se puede utilizar junto con la secuenciación de una sola célula para visualizar la ubicación espacial de las células cerebrales que cambian en la expresión génica o en los patrones de empalme en respuesta a comportamientos específicos o experiencias cognitivas.