El invierno de canola generalmente produce rendimientos mayores que la primavera de canola. Sin embargo, su rango es limitado debido a su incapacidad para resistir las duras condiciones invernales que se producen en muchas regiones del norte de los EE. UU. Para identificar loci asociados con la tolerancia al congelamiento en canola, realizamos un estudio de asociación a nivel del genoma (GWAS) utilizando un panel de diversidad genotipada que contenía 399 accesiones compuestas principalmente de canola de invierno. Las plantas cultivadas en invernadero de un mes de edad fueron posteriormente aclimatadas al frío durante dos meses en una cámara de crecimiento ambiental antes de fenotipar la supervivencia al congelamiento utilizando una escala de daño visual y fluorescencia de clorofila (Fv/Fo). Se observó una correlación razonable entre las calificaciones de daño visual y fluorescencia de clorofila entre los loci asociados principales; los resultados indicaron que algunos loci contribuyeron tanto al daño/tolerancia al congelamiento como a la eficiencia fotosintética. Los valores numéricos resultantes de los fenotipos se utilizaron para análisis de asociación con los SNPs identificados. Se identificaron trece marcadores significativos en nueve cromosomas para los fenotipos puntuados, con varios mostrando significancia para múltiples fenotipos. Se identificaron veinticinco genes candidatos previamente asociados con la tolerancia al congelamiento, la fotosíntesis o la respuesta al frío en canola o Arabidopsis.