El alforfón común (M.) es un cultivo importante de seudocereal y contiene una abundancia de nutrientes y compuestos bioactivos. Sin embargo, el rendimiento del alforfón es bajo en comparación con el de otros cultivos principales. El mapeo de QTL y la selección de genes candidatos de tamaño de grano son muy importantes para aumentar la producción de alforfón común a través de la cría molecular en el futuro. En el presente estudio, se estableció una población segregante F con 217 individuos utilizando un cruce entre Ucrania daliqiao (UD) y Youqiao 2 (YQ2) que mostraron una diferencia significativa en el tamaño del grano. Los cebadores InDel y SSR se desarrollaron en base al secuenciamiento del transcriptoma entre los padres en el estudio anterior. Se construyó un mapa de ligamiento genético, que incluye 39 loci SSR y 93 loci InDel, con una longitud total de 1398.33 cM y un espaciado promedio de 10.59 cM. Combinado con los datos fenotípicos de tamaño de grano de la población F, se detectaron un total de 14 QTL, incluidos 6 QTL de longitud de grano, 3 QTL de ancho de grano y 5 QTL de peso de cien granos. Los QTL de ancho de grano y peso de cien granos fueron detectados cerca de SWU_Fe_InDel086 y SWU_Fe_InDel076. Algunos genes candidatos con diferencia de expresión o InDel entre los padres fueron seleccionados dentro del intervalo de QTL. Este estudio sentaría las bases para la clonación basada en mapas y el mecanismo molecular del tamaño del grano y, en última instancia, la mejora del rendimiento en el alforfón común.