Desarrollar programas de cría sólidos para especies de acuicultura puede ser un desafío cuando los emparejamientos no se pueden controlar debido a la reproducción comunal. Desarrollamos un panel de marcadores de genotipado por secuenciación de 300 SNPs para pruebas de paternidad y determinación de sexo utilizando datos de un genoma de referencia interno, así como un array de genotipado de 90 K SNP basado en diferentes poblaciones de pez limón. La distancia mínima y máxima entre pares de marcadores adyacentes fue de 0.7 Mb y 13 Mb, respectivamente, con un espaciado promedio de marcadores de 2 Mb. Se encontró evidencia débil de desequilibrio de ligamiento entre pares de marcadores adyacentes. Los resultados mostraron un alto rendimiento del panel para la asignación parental, con valores de exclusión de probabilidad iguales a 1. La tasa de falsos positivos al usar datos de cruzamiento entre poblaciones fue nula. Se observó una distribución sesgada de las contribuciones genéticas por parte de hembras dominantes, lo que aumenta el riesgo de tasas más altas de endogamia en generaciones cautivas posteriores cuando no se utilizan datos de paternidad. Todos estos resultados se discuten en el contexto del diseño del programa de cría, utilizando este panel de marcadores para aumentar la sostenibilidad de este recurso acuícola.