MangoBase: Un portal de genómica y un atlas de expresión génica para
Autores: Gómez-Ollé, Aynhoa; Bullones, Amanda; Hormaza, Jose I.; Mueller, Lukas A.; Fernandez-Pozo, Noe
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
MangoBase: Un portal de genómica y un atlas de expresión génica para
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Mango
Genómica
Bioinformática
Mejoramiento
Cultivos frutales
Secuencias genómicas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 11
Citaciones: Sin citaciones
El mango (L.) (2n = 40) es un miembro de la familia Anacardiaceae, que fue domesticado hace al menos 4000 años en Asia. Los mangos son frutas deliciosas con un gran valor nutricional. Son uno de los principales cultivos de frutas en todo el mundo, cultivados en más de 100 países, con una producción de más de 40 millones de toneladas. Recientemente se han publicado las secuencias genómicas de varias variedades de mango, pero no existen plataformas de bioinformática dedicadas a la genómica y mejora del mango para albergar datos ómicos de mango. Aquí, presentamos MangoBase, un portal web dedicado a la genómica del mango, que proporciona múltiples herramientas interactivas de bioinformática, secuencias y anotaciones para analizar, visualizar y descargar datos ómicos relacionados con el mango. Además, MangoBase incluye un atlas de expresión génica con 12 conjuntos de datos y 80 experimentos que representan algunos de los experimentos de RNA-seq de mango más significativos publicados hasta la fecha. Estos experimentos estudian la maduración del fruto del mango en varias variedades con diferentes firmezas de pulpa y dulzura o coloración de la cáscara, y otros experimentos también estudian el tratamiento postcosecha con agua caliente, la infección con , y los principales tejidos orgánicos del árbol de mango.
Descripción
El mango (L.) (2n = 40) es un miembro de la familia Anacardiaceae, que fue domesticado hace al menos 4000 años en Asia. Los mangos son frutas deliciosas con un gran valor nutricional. Son uno de los principales cultivos de frutas en todo el mundo, cultivados en más de 100 países, con una producción de más de 40 millones de toneladas. Recientemente se han publicado las secuencias genómicas de varias variedades de mango, pero no existen plataformas de bioinformática dedicadas a la genómica y mejora del mango para albergar datos ómicos de mango. Aquí, presentamos MangoBase, un portal web dedicado a la genómica del mango, que proporciona múltiples herramientas interactivas de bioinformática, secuencias y anotaciones para analizar, visualizar y descargar datos ómicos relacionados con el mango. Además, MangoBase incluye un atlas de expresión génica con 12 conjuntos de datos y 80 experimentos que representan algunos de los experimentos de RNA-seq de mango más significativos publicados hasta la fecha. Estos experimentos estudian la maduración del fruto del mango en varias variedades con diferentes firmezas de pulpa y dulzura o coloración de la cáscara, y otros experimentos también estudian el tratamiento postcosecha con agua caliente, la infección con , y los principales tejidos orgánicos del árbol de mango.