En este estudio, se utilizaron macroinvertebrados acuáticos como bioindicadores para determinar las condiciones ecológicas del río Lapa, ubicado entre los municipios de Cayey y Salinas, Puerto Rico. La calidad del agua del río se evaluó a través del cálculo del Puerto Rico Biological Monitoring Working Party (BMWP-PR), así como su grado de contaminación utilizando el Puerto Rico Family Biotic Index (FBI-PR). Se realizaron muestreos bimensuales en cuatro sitios de muestreo durante un período de 12 meses. Los sitios de muestreo se posicionaron río arriba y río abajo dentro de la reserva natural, y fuera y río abajo de sus límites. Los resultados del BMWP-PR mostraron que el sitio río arriba dentro de la reserva natural tenía buena calidad de agua, y el sitio río abajo dentro de la reserva natural tenía calidad de agua regular, mostrando algunas áreas con eutrofización. La calidad del agua fuera río abajo de la reserva natural era pobre. Los resultados del FBI-PR mostraron que había una leve contaminación orgánica dentro de la reserva natural, mientras que había una contaminación orgánica sustancial en el sitio que estaba fuera río abajo de la reserva natural. Concluimos que la sección del río ubicada dentro de la reserva natural tenía mejores condiciones ecológicas que el tramo del río ubicado fuera río abajo de la reserva natural, porque se encuentra dentro de un área protegida que apenas ha sido impactada por la actividad humana.