(1) Antecedentes: La bahía de Laizhou es una importante área de acuicultura en el norte de China. Es una de las especies con altos beneficios económicos. En los últimos años, el ambiente acuático de la bahía de Laizhou ha alcanzado un nivel de eutrofización leve, mientras que los microorganismos son un grupo importante entre el ambiente y las especies. En este estudio, evaluamos las alteraciones en los elementos ambientales, las poblaciones microbianas y los genes de resistencia a antibióticos (ARGs) junto con sus interconexiones durante la cultura en red. (2) Métodos: Se recolectaron un total de 142 muestras de varias capas de agua para el análisis de ensamblaje de metagenomas. La acuicultura aumenta la abundancia de microorganismos en esta área de cultivo y hace que la estructura de la comunidad microbiana sea más compleja. El cambio tuvo efectos más significativos en los sedimentos que en el agua de mar. (3) Resultados: Ciertas poblaciones de cianobacterias y Candidatus Micrarchaecta en el agua de mar, y Actinobacteria y Thaumarchaeota en los sedimentos mostraron alta abundancia en el área de acuicultura. Los genes de resistencia a antibióticos en los sedimentos fueron más sensibles a varios factores ambientales, especialmente la solubilidad del oxígeno y la salinidad. (4) Conclusiones: Estos hallazgos destacan la naturaleza compleja y dinámica de las interacciones microorganismo-ambiente-ARG, caracterizadas por la especificidad regional y proporcionando información para un uso más racional de los recursos marinos.