Este estudio proporciona la primera caracterización integral de las comunidades de macrofauna bentónica en el estuario de Loukkos, destacando su variabilidad espacial y estacional y los factores ambientales que moldean su estructura. Se identificaron un total de 47 especies en 12 combinaciones de sitio y estación, dominadas por moluscos (47%), poliquetos (23%) y crustáceos (21%). La riqueza de especies varió considerablemente a lo largo del gradiente estuarino, desde menos de cinco especies en el sector aguas arriba hasta un máximo de 30 especies aguas abajo. En general, se observó una mayor diversidad en las áreas aguas abajo y durante la temporada seca. La densidad de macrofauna también mostró una variabilidad sustancial, oscilando entre 95 ind.m y 14,852 ind.m, con una densidad media de 2535 +/- 4058 ind.m. Los análisis multivariantes identificaron cuatro ensamblajes bentónicos distintos estructurados principalmente por factores espaciales (ANOSIM R = 0.86, p = 0.002), con un efecto estacional negligible (R = -0.03, p = 0.6). Los ensamblajes variaron desde comunidades influenciadas por el mar en la boca del estuario dominadas por , pasando por comunidades ricas y diversas asociadas a pastos marinos en el estuario inferior dominadas por , y comunidades moderadamente enriquecidas en el medio del estuario caracterizadas por y , hasta comunidades aguas arriba con pocas especies dominadas por la especie tolerante . El análisis canónico mostró que la salinidad y la vegetación explican casi el 40% de la variación en los ensamblajes bentónicos, destacando el papel clave de los lechos de pastos marinos de Zostera como hábitats estructurantes. Además, las presiones antropogénicas aguas arriba alteran las condiciones ambientales, reduciendo la diversidad bentónica y favoreciendo a las especies tolerantes.