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Modelos de Aprendizaje Automático para la Detección de Errores en Datos de Metagenómica y Secuenciación de Poliploides

Autores: Krachunov, Milko; Nisheva, Maria; Vassilev, Dimitar

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2019

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Acceso abierto

Artículo científico
2019

Modelos de Aprendizaje Automático para la Detección de Errores en Datos de Metagenómica y Secuenciación de Poliploides


Categoría

Gestión y administración

Subcategoría

Gestión de la tecnología y la inovación

Palabras clave

Metagenómica
Genómica
Especies poliploides
Datos de variación
Errores de instrumentación
Modelos basados en ML

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 1

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Los estudios de metagenómica, así como los estudios genómicos de especies poliploides como el trigo, se ocupan del análisis de datos de alta variación. Estos datos contienen secuencias de cadenas genéticas similares, pero distintas. Este hecho presenta un obstáculo para el análisis y la investigación. En particular, la detección de errores de instrumentación durante la digitalización de las secuencias puede verse obstaculizada, ya que pueden ser indistinguibles de la verdadera variación biológica dentro de los datos digitales. Esto puede impedir la determinación de las secuencias correctas, al mismo tiempo que dificulta significativamente los estudios de variantes. Este artículo detalla una colección de modelos basados en ML utilizados para distinguir una variante real de una errónea. El enfoque está en utilizar este modelo directamente, pero también se realizan experimentos en combinación con otros predictores que aíslan un grupo de candidatos a error.

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