Los cladóceros pueden producir huevos en reposo dentro de una cápsula protectora resistente, el efipio, que dificulta su visualización debido a su pigmentación oscura. Por lo tanto, antes de realizar experimentos de eclosión, se deben considerar métodos para verificar la viabilidad de los huevos en reposo en efipios. Este estudio tuvo como objetivo evaluar el número de huevos por efipio de Daphnia de dos ecosistemas acuáticos tropicales y la eficiencia de algunos métodos para desencapsular los huevos en reposo. Para evaluar la influencia de los métodos en las tasas de eclosión, se probaron tres condiciones diferentes: inmersión en hipoclorito de sodio, huevos en reposo desencapsulados manualmente y efipios intactos. La inmersión en solución de hipoclorito permitió evaluar las diferencias en el número de huevos en reposo por efipio entre los ecosistemas estudiados. La exposición a hipoclorito de sodio al 2% durante 20 minutos fue el método más eficiente para la evaluación visual y el aislamiento de los huevos en reposo. Los experimentos con huevos en reposo no aislados de efipias subestimaron la tasa de eclosión (11,1 ± 5,0%), lo que demuestra la necesidad de métodos para cuantificar y aislar huevos viables. No se observaron diferencias entre la tasa de eclosión de los huevos en reposo sometidos a solución de hipoclorito (47,2 ± 7,34%) y los desencapsulados manualmente (53,7 ± 13,24%). Sin embargo, la inmersión en hipoclorito resultó ser una técnica más eficiente, más rápida y que no requiere habilidad manual.