Es bien sabido que los marcadores biológicos y químicos clásicos de contaminación ambiental no necesariamente indican la presencia o ausencia de amenazas emergentes para la salud pública, como virus transmitidos por el agua y genotóxicos. El propósito de este estudio preliminar fue evaluar la presencia de enterovirus (EV), rotavirus (RV) y adenovirus (AdV), así como su genotoxicidad, en muestras de agua provenientes de puntos de monitoreo rutinario de la calidad del agua en el curso principal del río Sinos. Los puntos se clasifican según diferentes niveles de contaminación de acuerdo con la normativa federal brasileña. Se detectaron genomas virales de EV y AdV en dos de los cuatro puntos de recolección, independientemente del nivel de urbanización de las zonas circundantes. Por el contrario, no se observó genotoxicidad en alevines de piava (Leporinus obtusidens) cultivados en estas mismas muestras de agua. Los resultados se compararon con parámetros físicos, químicos y microbiológicos clásicos. No se observó una clara asociación entre ninguno de los marcadores clásicos y la presencia de genomas virales en las muestras de agua analizadas.