El plántula de plug vegetal juega un papel importante en la mejora de la producción de verduras. El proceso de plántula de plug contribuye a plántulas de verduras de alta calidad. La composición del sustrato y los fertilizantes químicos se estudian ampliamente para promover el crecimiento de las plántulas. Sin embargo, se sabe poco sobre el efecto de las bacterias beneficiosas en la comunidad microbiana de la rizosfera y el crecimiento de las verduras durante la plántula de plug. El uso de microbios beneficiosos para promover el crecimiento de plántulas de verduras tiene un gran potencial. En este estudio, mostramos que la cepa LYGN1 mejoró el crecimiento de plántulas de pepino y pimiento en el cultivo de plántulas de plug. El tratamiento con LYGN1 aumentó significativamente la biomasa y el índice relacionado con el crecimiento de pepino y pimiento, mejorando el índice de calidad de las plántulas. Específicamente, LYGN1 también mejoró la arquitectura del sistema radicular de pepino y pimiento y aumentó el diámetro de la raíz. Aplicamos secuenciación de alto rendimiento para analizar la comunidad microbiana de la rizosfera de las plántulas, que mostró que LYGN1 cambia significativamente la composición y estructura de las comunidades microbianas de la rizosfera de pepino y pimiento. El análisis de correlación mostró que Abditibacteriota y Bdellovibrionota tuvieron efectos positivos en el crecimiento de las plántulas. Los hallazgos de este estudio proporcionan evidencia de los efectos de LYGN1 en las comunidades microbianas de la rizosfera de pepino y pimiento, que también promovieron la calidad de las plántulas en el cultivo de plántulas de plug.