El estrés salino representa una seria amenaza para la producción de tomate. La proporción de luz roja a lejana roja (R/FR) está activamente involucrada en la regulación del crecimiento y desarrollo del tomate; sin embargo, aún no se sabe con certeza si y cómo R/FR mejora la calidad de la fruta bajo estrés salino. Por lo tanto, realizamos un análisis metabolómico de los frutos de tomate bajo cuatro tratamientos, incluyendo R/FR = 7 (CK), R/FR = 0.7 (L), R/FR = 7 y 100 mmol·L NaCl (Na), y R/FR = 0.7 y 100 mmol·L NaCl (Na+L). El análisis metabolómico indicó que tanto el bajo R/FR como el estrés salino aumentaron la acumulación de ácidos orgánicos y fenoles; sin embargo, el bajo R/FR adicionalmente mejoró principalmente la acumulación de carbohidratos, ácidos orgánicos, fenoles y aminoácidos en el fruto de tomate bajo estrés salino. Los estudios fisiológicos fueron consistentes con los resultados anteriores y además revelaron que el bajo R/FR adicionalmente promovió drásticamente el crecimiento de la planta, el contenido de azúcar soluble, fenoles totales y flavonoides, mejoró el equilibrio de presión osmótica y la capacidad antioxidante, y notablemente alivió las supresiones inducidas por el estrés salino. Este estudio demostró la importancia de aplicar la regulación de la calidad de la luz en la producción de tomate resistente a la salinidad.